El efecto beneficioso del movimiento del caballo se conoce desde antiguo. Ya en su época, los griegos aconsejaban practicar equitación con el fin de mejorar el estado anímico de los enfermos incurables, incluso el propio Hipócrates, 460 antes de Cristo ya hablaba del saludable trote de los caballos. Más tarde, en el siglo XVII, la medicina utilizaba la equitación como método para combatir la gota, enfermedad que por entonces causaba auténticos estragos.

Los primeros datos contrastados nos llegan de 1875, año en el que el neurólogo francés Chassiagnac descubrió que un caballo en movimiento mejora el equilibrio, el movimiento articular y el control muscular de los pacientes. Experimentó con esta idea y concluyó que montar a caballo mejoraba el estado de ánimo y que era particularmente beneficioso para los parapléjicos y pacientes con trastornos neurológicos.

Pero el auténtico auge de la hipoterapia en Europa surge a partir de los años 50 y 60, desarrollándose principalmente en Alemania. En este país se experimentó por aquel entonces con el método que en nuestros días se utiliza, basado principalmente en el establecimiento de una relación directa entre el movimiento del caballo y la respuesta del paciente.